Es gibt schon seit den 1970er Jahren Exmoorponys in Deutschland, die Nachkommen dieser Tiere wurden aber nicht begutachtet und somit auch nicht in das Stutbuch eingetragen. Nach dem Import einiger Individuen in den Jahren 1991 und 1992 wurde 1993 der erste Nachwuchs von englisch registrierten Eltern in Deutschland geboren, begutachtet und ins englische Zuchtbuch eingetragen. Seit 1993 kamen jährlich englische Inspektoren nach Deutschland, um die hier geborenen Fohlen zu inspizieren und ebenfalls ins englische Stutbuch einzutragen. Seit einigen Jahren gibt es auch nicht-englische, von der EPS anerkannte Inspektoren.
Seit 2022, also seit dem Brexit, erfolgt die tierzuchtrechtliche Eintragung durch den VPPH, die Equidenpässe und tierzuchtrechlichen Bescheinigungen stellt ebenfalls der VPPH aus, denn hier wird das Filialzuchtbuch der Rasse Exmoorpony geführt.
Zusätzlich werden die meisten Fohlen noch im Hauptzuchtbuch der EPS in England eingetragen.